Em 1665, quando o bandeirante Jerônimo de Camargo, chegou a colina banhada pelo Rio Atibaia, encontrou índios Guarus convertidos ao catolicismo pelo Padre Mateus Nunes da Siqueira. Com o auxílio dos índios, fundou uma fazenda e ergueu uma capelinha dedicada a São João, seu padroeiro. Este primeiro núcleo acabou por se constituir em parada obrigatória pelos bandeirantes paulista que iam em direção às Minas Gerais. Com o desenvolvimento do povoado, a igrejinha passou em 1679, à capela curada, conforme consta na ata do "Conselho da Câmara de São Paulo" e, tornando-se paróquia em 1701. A aldeia foi elevada à Freguesia por alvará de 13 de agosto de 1747. Diante das constantes representações dos moradores de São João Batista de Atibaia, o Capitão-General Dr. Luiz Antonio de Souza Botelho Morão Morgado de Matheus, primeiro governador de São Paulo, elevou-se a Freguesia à categoria de Município, por portaria de 27 de julho de 1769, nomeando os primeiros vereadores da Câmara Municipal de Atibaia. Em abril de 1864, conforme decreto - lei no. 26, querendo o governo conceder-lhe novas regalias com novos foros, deu-se o título de Cidade. Atibaia recebe uma nova situação judiciária, e foi criada a Comarca em 22 de abril de 1880. Por Decreto-lei no. 14.666 de 18 de abril de 1945, foi elevada a categoria de Estância Hidromineral, posteriormente transformada em turística, por Lei no. 1.844 de 17 de novembro de 1978. Origem do Nome: Vem da palavra indígena Tubaia, Atubaia, que significa "água agradável ao paladar".
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