Os primeiros habitantes de São Francisco de Paula foram os índios CAAGUARAS,
que estendiam suas aldeias pelas Serras Geral e do Mar.
Faziam parte da tribo dos Coroados. Usavam pelegos para se
aquecer no rigoroso inverno serrano. Caçavam, pescavam e
comiam frutos e sementes. Moravam em cavernas cavadas ou
naturais. Eram pacíficos e respeitavam a natureza.
Com as incursões bandeirantes rumo ao Sul do Brasil,
terminaram como presas fáceis dos paulistas de Sorocaba que
fizeram destes índios mão-de-obra escrava. Por volta de
1700, estavam praticamente dizimados pelos bandeirantes e
por doenças.
São Francisco sempre teve, no século passado, muitos altos e
baixos. De modo especial, os ASSISISTAS, os BORGISTAS e os
MARAGATOS, na grande diviSão que tínhamos lá. Inclusive, se
fala muito de refúgio da Guerra do Paraguai, da Guerra dos
Farroupilhas. Escondiam-se nas invernadas de São Marcos e na
região que vai até Vacaria. Em 1889, eles não tinham
condições financeiras de levar o município adiante. Ficaram
seis meses dependendo de Taquara.
Quando os próprios nativos de São Francisco estavam
dirigindo os negócios, em função das divisões existentes,
enfrentavam dificuldades devido às disputas políticas. Um
segmento estando no poder, o outro, naturalmente, estava
"armado" para destituí-lo do mesmo. A instalação
administrativa do município verificou-se no dia 07 de
janeiro de 1903.
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